Sie sind hier: Skip Navigation LinksInstitut für Humangenetik Forschung Molekulare Analysen von Formalin-fixiertem (FFPE) Gewebe

Molekulare Analysen von Formalin-fixiertem (FFPE) Gewebe

Beschreibung

​Wir untersuchen verschiedene Tumorerkrankungen hinsichtlich ihrer Vielfalt an Keimbahn und somatischen Mutationen. Tumorgewebe liegt überwiegend als Formalin-fixiertes Paraffin-eingebettetes (FFPE) Material vor und wird in der Tumordiagnostik genutzt, um die Stichprobengröße und damit die statistische Aussagekraft von Forschungsprojekten zu erhöhen. Durch die Formalin Fixierung wird die DNA jedoch chemisch und mechanisch beschädigt, was die genetische Analyse erschwert. Wir verwenden deshalb speziell entwickelte Labortechniken um auch von kleinsten Geweberesten, wie Biopsien, noch therapierelevante Mutationen zu identifizieren.

Immer mehr Tumorentitäten können heute mit modernen personalisierten Therapien, wie z.B. Immun-Checkpoint-Blockern, behandelt werden. Jedoch entwickeln Tumorzellen zunehmend auch Resistenzmechanismen gegen diese Arten von Therapien. Ziel unserer Arbeit ist es deshalb auch, mögliche Mechanismen der Therapieresistenz aufzuklären, die mit der Entstehung von neuen Mutationen während einer Therapie einhergehen. Diese sind essentiell zur Entwicklung von Zweitlinien- oder Kombinationstherapien.

Ein weiteres Forschungsziel ist die Untersuchung von größeren Patientenkohorten um bisher unentdeckte Treibermutationen zu identifizieren, die für die Tumorentstehung bzw. Ausbildung von Therapieresistenzen mitverantwortlich sein können. Die Assoziation von klinischen Daten ermöglicht dann Aussagen zur Prognose und Therapierelevanz solcher genetischen Veränderungen. Für unsere Forschungsprojekte spielt die Datenanalyse von ‘big data‘ aus der massiven parallelen Sequenzierung eine große Rolle. Sie umfasst verschiedene bioinformatische Verfahren und geschieht unter Nutzung öffentlicher Datenbanken (TCGA, CCLE, ICGC). In diesem Zusammenhang betreuen wir immer wieder medizinische Doktor- bzw. naturwissenschaftliche Master- / Bachelor-Arbeiten und freuen uns über Ihr Interesse. Unsere Forschung wird unterstützt von der Deutschen Krebshilfe.

Publikationen (Auswahl)

  • Atypical fibroxanthoma and pleomorphic dermal sarcoma harbor frequent NOTCH1/2 and FAT1 mutations and similar DNA copy number alteration profiles.
    Griewank KG, Wiesner T, Murali R, Pischler C, Müller H, Koelsche C, Möller I, Franklin C, Cosgarea I, Sucker A, Schadendorf D, Schaller J, Horn S, Brenn T,Mentzel T. Mod Pathol. 2017 Nov 3. doi: 10.1038/modpathol.2017.146. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 29099504.
  • Acquired IFNγ resistance impairs anti-tumor immunity and gives rise to T-cell-resistant melanoma lesions
    Sucker A, Zhao F, Pieper N, Heeke C, Maltaner R, Stadtler N, Real B, Bielefeld N, Howe S, Weide B, Gutzmer R, Utikal J, Loquai C, Gogas H, Klein-Hitpass L, Zeschnigk M, Westendorf AM, Trilling M, Horn S, Schilling B, Schadendorf D, Griewank KG, Paschen A. Nat Commun. 2017 May 31;8:15440. doi: 10.1038/ncomms15440. PubMed PMID: 28561041; PubMed Central PMCID: PMC5460020.
  • Non-reproducible sequence artifacts in FFPE tissue: an experience report
    Ofner R, Ritter C, Ugurel S, Cerroni L, Stiller M, Bogenrieder T, Solca F, Schrama D, Becker JC. J Cancer Res Clin Oncol. 2017 Jul;143(7):1199-1207. doi: 10.1007/s00432-017-2399-1. Epub 2017 Mar 17. PubMed PMID: 28314930.
  • Single-strand DNA library preparation improves sequencing of formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) cancer DNA
    Stiller M, Sucker A, Griewank K, Aust D, Baretton GB, Schadendorf D, Horn S.
    Oncotarget. 2016 Sep 13;7(37):59115-59128.doi:10.18632/oncotarget. 10827. PubMed PMID: 27463017; PubMed Central PMCID: PMC5312299.
  • Melanoma Lesions Independently Acquire T-cell Resistance during Metastatic Latency
    Zhao F, Sucker A, Horn S, Heeke C, Bielefeld N, Schrörs B, Bicker A, Lindemann M, Roesch A, Gaudernack G, Stiller M, Becker JC, Lennerz V, Wölfel T, Schadendorf D, Griewank K, Paschen A. Cancer Res. 2016 Aug 1;76(15):4347-58. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-16-0008. Epub 2016 Jun 3. PubMed PMID: 27261508.
  • TERT promoter mutations in familial and sporadic melanoma
    Horn S, Figl A, Rachakonda PS, Fischer C, Sucker A, Gast A, Kadel S, Moll I, Nagore E, Hemminki K, Schadendorf D, Kumar R. Science. 2013 Feb 22;339(6122):959-61. doi: 10.1126/science.1230062. Epub 2013 Jan 24. PubMed PMID: 23348503.
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