Allgemeines
Wir bilden kontinuierlich wissenschaftlichen Nachwuchs aus und vergeben Promotionsarbeiten. Bei Interesse kontaktieren Sie uns bitte per E-Mail: Rolf.Wachter@medizin.uni-leipzig.de
oder für eine experimentelle Doktorarbeit im Forschungslabor an Boeckel@medizin.uni-leipzig.de
Medizinische Doktorarbeit – Vorhersage von zirkulären RNAs in Herzinsuffizienzpatienten mithilfe von Machine Learning Algorithmen (Medizininformatik/Bioinformatik)
Herzinsuffizienz (HI) ist durch eine hohe Morbidität und Mortalität sowie eine zunehmende Prävalenz gekennzeichnet. Wichtige genetische und epigenetische Faktoren, die zur Entstehung von HI beitragen, wurden bereits identifiziert. Die epi-transkriptomischen Mechanismen, die bei der Pathogenese der HI eine wichtige Rolle spielen könnten, sind jedoch im menschlichen Herzen noch nicht vollständig erforscht.
Ein großer Teil des menschlichen Genoms kodiert für RNAs die nicht für Proteine kodieren. Diese nicht-kodierenden RNAs haben wichtige regulatorische Funktionen bei Erkrankungen des menschlichen Herzens. Zirkuläre RNAs (circRNAs) sind kovalent geschlossene, einzelsträngige, nicht codierende RNA-Moleküle, die durch alternatives mRNA-Spleißen aus Exons entstehen. CircRNAs werden durch einen alternativen Spleißmechanismus gebildet, der als "Back-Splicing" bezeichnet wird, und können zu menschlichen Krankheiten wie HI beitragen. Obwohl verschiedene Mechanismen zur Regulierung der circRNA-Bildung vorgeschlagen wurden, ist ihr Ursprung auf artspezifischer Ebene und menschlichen Erkrankungen noch nicht vollends verstanden.
Mit verschiedenen Algorithmen im Bereich des maschinellen Lernens soll herausgefunden werden, welche Faktoren für die Entstehung von circRNAs im Herzen von Patienten mit Herzinsuffizienz verantwortlich sind. Es erfolgt eine enge Betreuung und Anleitung.
Für die Dauer der Doktorarbeit sollten zwei Freisemester eingeplant werden. Gerne unterstützen wir Sie bei der Beantragung eines Stipendiums. Ziel ist es, die Ergebnisse bei Kongressen vorzustellen und die Dissertation vor dem zweiten Staatsexamen fertigzustellen.
Weitere Informationen finden Sie unter: https://www.uniklinikum-leipzig.de/einrichtungen/kardiologie/wissenschaft-forschung/research-lab
Der/die Bewerber/in sollte Interesse und zumindest Grundkenntnisse in Informatik haben.
Ihre Bewerbung richten Sie bitte an:
PD Dr. Jes-Niels Boeckel Boeckel(at)medizin.uni-leipzig.de
Ausschreibung einer experimentellen medizinischen Doktorarbeit im Forschungslabor der Klinik und Poliklinik für Kardiologie mit dem Thema:
Nichtkodierende RNAs als neue molekulare Marker und Therapieoption bei der Herzinsuffizienz
Die Herzinsuffizienz gehört nicht nur zu den häufigsten Todesursachen in Europa, ihre Inzidenz und Prävalenz nimmt durch die zunehmende Lebenserwartung auch kontinuierlich zu. Eine Erforschung neuer Biomarker zur Diagnostik und die Identifikation neuer Therapietargets ist deshalb unabdingbar.
Im Verlauf des Humangenomprojektes konnte gezeigt werden, dass der Großteil des Genoms nicht-kodierend ist, das heißt die RNA wird nicht in Proteine translatiert. Zu diesen nicht-kodierenden RNAs zählen neben kurzen (siRNA, miRNA) und zirkulären (circRNAs) auch lange nicht-kodierende RNAs (lncRNAs). LncRNAs sind durch eine Größe von mehr als 200 Nukleotiden gekennzeichnet und machen den Großteil der nicht-kodierenden RNAs aus. Sie haben multiple regulative Funktionen. Da in den letzten Jahren zunehmend die Beteiligung von nicht-kodierenden RNAs wie lncRNAs an der Entstehung und Progression von Herz-Kreislauf-Erkrankungen beschrieben wurde, waren wir an lncRNAs interessiert, die in Herzinsuffizienz-Patienten reguliert sind. Konkret waren wir an immun-modulatorischen lncRNAs interessiert, da eine Aktivierung des Immunsystems in Herzinsuffizienz-Patienten mit der Schwere und der Prognose der Erkrankung zusammenhängen.
Im Rahmen der hier ausgeschriebenen Dissertation soll die Interaktion von einer identifizierten LncRNA mit ihrem Proteininteraktionspartner detailliert charakterisiert werden.
Zur Beantwortung der Fragen werden Sie während Ihrer Doktorarbeit molekularbiologische Methoden wie die Isolation von primären Monozyten aus Blut, Zellkultur, RNA Isolation, Reverse Transkription, qPCR, Überexpression und Knockdown erlernen. Eine Teilnahme an nationalen und internationalen Kongressen zur Präsentation Ihrer Daten ist möglich. Für die Dauer der Experimente sollten zwei Freisemester eingeplant werden. Bei der Beantragung eines Stipendiums können wir Sie gerne unterstützen.
Weitere Informationen finden Sie unter: https://www.uniklinikum-leipzig.de/einrichtungen/kardiologie/wissenschaft-forschung/research-lab
Ihre Bewerbung richten Sie bitte an: Boeckel(at)medizin.uni-leipzig.de
Experimentelle Doktorarbeit – Molekulare Mechanismen der Atherosklerose
RNA Elongation während der Endothelialen-zu-Mesenchymalen Transition
Die Endotheliale-zu-Mesenchymale Transition (EndMT) ist ein Prozess, bei dem Endothelzellen unter Stressbedingungen ihre Zellcharakteristik aufgeben und dafür in einen mesenchym-ähnlichen Zustand übergehen. Dieser Prozess wurde im adulten Organismus mit verschiedenen pathologischen Prozessen, wie beispielsweise der Entstehung und der Progression der Atherosklerose assoziiert. Wir konnten in unserem Labor mit chemischen Inhibitoren der RNA Elongation den EndMT Prozess im Zellmodell unterbinden. Verschiedene Sequenzierungen zeigten das Potential der RNA Elongation während der EndMT.
Ziel der experimentellen Doktorarbeit ist es, potentielle Targets der basalen und inhibierten RNA Polymerase II in Endothelzellen während EndMT und in der Entstehung der Atherosklerose zu identifizieren, zu validieren und zu charakterisieren. Dafür werden neben immunhistochemischer Färbungen und Zellkulturexperimenten verschiedene molekularbiologische und biochemische Methoden, wie z.B. RNA Extraktion, Reverse Transkription, qPCR, Chromatin Immunpräzipitation und Immunblotting angewandt. Des Weiteren werden in regelmäßigen Arbeitsgruppentreffen die Präsentations- und Diskussionsfähigkeiten geschult.
Für die Dauer der Experimente sollten zwei Freisemester eingeplant werden. Gerne unterstützen wir Sie bei der Beantragung eines Stipendiums. Ziel ist es, die Ergebnisse bei Kongressen vorzustellen und die Dissertation vor dem zweiten Staatsexamen fertigzustellen.
Weitere Informationen finden Sie unter: https://www.uniklinikum-leipzig.de/einrichtungen/kardiologie/wissenschaft-forschung/research-lab
Ihre Bewerbung richten Sie bitte an:
PD Dr. Jes-Niels Boeckel Boeckel(at)medizin.uni-leipzig.de
