Zu Kriegsende war Leipzig eine zerbombte Stadt. Von den 103 Einrichtungen der Universität lagen 68 vollständig und 21 teilweise in Trümmern. Das Pharmakologische Institut zog nach einigen Provisorien 1947 in ein ehemaliges Textilmessehaus in der Härtelstraße 16-18, in dem es sich noch heute befindet. Lendle begann, in einer Etage dieses Gebäudes mit einfachsten Mitteln Lehre und Forschung wieder aufzunehmen. Als er 1949 dem bereits 1947 ergangenen Ruf nach Göttingen folgte, musste zunächst der Direktor des Physiologisch-Chemischen Instituts, Erich Strack, die kommissarische Leitung des Pharmakologischen Institutes übernehmen. Schließlich wurde 1949 Fritz Hauschild auf den Lehrstuhl für Pharmakologie berufen. Hauschild hatte Chemie und Medizin in Leipzig studiert und war dann Assistent bei Gros geworden. Ab 1937 arbeitete er in der Industrie in Berlin und in Bielefeld, und an den Universitäten von Frankfurt und Heidelberg. 1956 erschien die erste Auflage seines umfangreichen Buches "Pharmakologie und Grundlagen der Toxikologie". Für mehrere von ihm in Zusammenarbeit mit der Industrie entwickelte Präparate (z.B. Thiantan und Rocornal), für sein auch im Ausland verbreitetes Standardwerk und ein Studentenlehrbuch sowie für sein wissenschaftsorganisatorisches Engagement erhielt Hauschild staatliche und internationale Auszeichnungen. 1963 erfolgte die Umbenennung des Institutes in "Institut für Pharmakologie und Toxikologie".
Aus der 1964 gegründeten Abteilung für Klinische Pharmakologie unter Leitung von Reinhard Ludewig, der 1979 auf den ersten Leipziger Lehrstuhl für Klinische Pharmakologie berufen wurde, entstand 1982 eine selbstständige Abteilung im Bereich Medizin und 1984 das Institut für Klinische Pharmakologie. Hauschilds Schüler und Nachfolger Martin Müller hatte in Leipzig Medizin studiert und ebenso wie Hauschild Industrieerfahrung. 1969 zum Professor für Pharmakologie und Toxikologie berufen, übernahm er 1973 die kommissarische Leitung des Instituts und wurde 1974, nach Hauschilds Tod, Institutsdirektor. 1975 waren am Institut insgesamt 32 Mitarbeiter beschäftigt, neben dem Direktor drei Dozenten, fünf Fachärzte, ein Chemiker, zwei Biologen und ein Physiker; im Jahr 1982 waren es sogar 49 Beschäftigte. Während Hauschild noch ein sehr weites Themenspektrum favorisiert hatte, wurde unter Müller die Arbeit vor allem auf neuropharmakologische Themen (Antiepileptika- und Nootropika-Forschung) konzentriert.